Νεα τεχνική που ανιχνεύει παραλλαγές του SARS-COV-2 στα λύματα

1BOUSSIAS
Q
ΝΕΑ TEXNIKH ΠΟΥ ΑΝΙΧΝΕΥΕΙ ΠΑΡΑΛΛΑΓΕΣ ΤΟΥ SARS-COV-2 ΣΤΑ ΛΥΜΑΤΑ Εβδομάδες πριν εμφανιστούν σε κλινικές δοκιμές
Για πρώτη φορά, ερευνητές στην Καλιφόρνια μπόρεσαν να ανιχνεύσουν
συγκεκριμένες παραλλαγές του SARS-CoV-2 σε λύματα εβδομάδες πριν εμφανιστούν σε κλινικές δοκιμές.Τα δεδομένα από τα λύματα εντόπισαν το ένα μετά το άλλο κύματα διαφορετικών παραλλαγών, δήλωσε ο Rob Knight, μικροβιολόγος στο Πανεπιστήμιο της Καλιφόρνια στο Σαν Ντιέγκο (UCSD) και συν-συγγραφέας της μελέτης, η οποία δημοσιεύτηκε στο Nature στις 7 Ιουλίου. Σύμφωνα με τον ίδιο η τεχνική θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί για την παρακολούθηση των αναδυόμενων παραλλαγών και την επιτάχυνση της απόκρισης για τη δημόσια υγεία. «Όταν έρθει το επόμενο στέλεχος, θα είμαστε έτοιμοι για αυτό» αναφέρει χαρακτηριστικά. Ερευνητικές ομάδες παγκοσμίως έχουν χρησιμοποιήσει την επιτήρηση των λυμάτων για την παρακολούθηση του SARS-CoV-2, αλλά αυτές οι προσεγγίσεις συνήθως ανίχνευαν μόνο την παρουσία και την ποσότητα του ιού. Αυτή η τεχνική στη συνέχεια χρησιμοποιήθηκε για την εκτίμηση του ποσού μετάδοσης σε μια κοινότητα. Αλλά οι προσπάθειες για τον εντοπισμό ποιών παραλλαγών κυκλοφορούσαν και πόσο διαδεδομένων ήταν «υπέφεραν» από δεδομένα χαμηλής ποιότητας. Για να ξεπεράσουν αυτό το πρόβλημα, οι ερευνητές στην Καλιφόρνια ανέπτυξαν μια μέθοδο που χρησιμοποιεί νανοσφαιρίδια για να αυξήσει την ποσότητα του ιικού RNA που μπορεί να προσδιοριστεί από ένα δείγμα λυμάτων. Οι προηγούμενες τεχνικές επέτρεπαν στους επιστήμονες να βρουν την αλληλουχία μέχρι και του 40% του ιικού RNA σε ένα δείγμα, ενώ η μέθοδος νανοσφαιριδίων επέτρεψε στους ερευνητές να φθάσουν σχεδόν το 95%. Η ομάδα της Καλιφόρνια ανέπτυξε επίσης ένα εργαλείο, που ονομάζεται Freyja, για να αναγνωρίζουν τις παραλλαγές που υπάρχουν σε κάθε δείγμα και την ποσότητά τους. Για να δοκιμάσουν τη νέα τους μέθοδο, οι επιστήμονες πέρασαν σχεδόν ένα χρόνο συλλέγοντας δείγματα από μια μονάδα επεξεργασίας λυμάτων στο Σαν Ντιέγκο που επεξεργάζεται λύματα από περίπου 2,3 εκατομμύρια ανθρώπους. Η συλλογή δεδομένων ξεκίνησε τον Φεβρουάριο του 2021. Συνέλεξαν επίσης λύματα από σωλήνες αποχέτευσης σε περισσότερες από 130 τοποθεσίες στο campus του UCSD για 10 μήνες. Οι ερευνητές εντόπισαν τις παραλλαγές Άλφα και Δέλτα του κορονοϊού σε λύματα έως και δύο εβδομάδες πριν τα στελέχη εντοπιστούν με διαγνωστικά τεστ και από εξετάσεις ανθρώπων σε κλινικές δοκιμές. Εντόπισαν επίσης την Omicron περίπου δέκα ημέρες πριν το πρώτο θετικό επιβεβαιωμένο κρούσμα στο Σαν Ντιέγκο καθώς και την αύξηση της παραλλαγής BA.1 της Omicron στον πληθυσμό. Στην πανεπιστημιούπολη του UCSD, οι ερευνητές εντόπισαν με συνέπεια τις παραλλαγές Alpha, Delta και μια λιγότερο γνωστή παραλλαγή, την Epsilon, η οποίο βρέθηκε κυρίως στις Ηνωμένες Πολιτείες. Αυτό ήταν εκπληκτικό γιατί υπήρχαν εβδομάδες κατά τις οποίες αυτές οι παραλλαγές είχαν σχεδόν εξαφανιστεί από την κλινική επιτήρηση, λέει ο συν-συγγραφέας της μελέτης Joshua Levy. Ωστόσο, δεν είναι ακόμη σαφές εάν η τεχνική θα λειτουργήσει για την παρακολούθηση των παραλλαγών Omicron BA.4 και BA.5, οι οποίες ήταν δύσκολο να διακριθούν μεταξύ τους, λέει η Ana Maria de Roda Husman, ερευνήτρια μολυσματικών ασθενειών στο το Εθνικό Ινστιτούτο Δημόσιας Υγείας και Περιβάλλοντος των Κάτω Χωρών στο Bilthoven.
Πηγη:HealthDaily