Τεχνολογία αλληλουχίας γονιδιώματος σε Ασία και Αφρική
Για την παρακολούθηση μολυσματικών ασθενειών
Από τον δάγκειο πυρετό έως τον Έμπολα, τα εργαστήρια σε Ασία και την Αφρική χρησιμοποιούν τεχνολογία αλληλούχισης γονιδιώματος και δεξιότητες που αποκτήθηκαν κατά τη διάρκεια της πανδημίας COVID-19, για την ταχεία παρακολούθηση ενδημικών ασθενειών. Όπως αναφέρεται στο σχετικό δημοσίευμα του Nature, Όταν ένα τρίχρονο αγόρι στην Καμπότζη προσβλήθηκε από γρίπη των πτηνών πέρυσι, ερευνητές στο Ινστιτούτο Παστέρ της Καμπότζης στην Πνομ Πενχ χρησιμοποίησαν τεχνολογία αλληλουχίας γονιδιώματος που αγοράστηκε κατά τη διάρκεια της πανδημίας COVID-19 για την αλληλούχιση δειγμάτων από το αγόρι σε μία μόνο μέρα. Επιβεβαίωσαν ότι είχε H9N2, έναν κοινό ιό που βρίσκεται στα πτηνά. Αργότερα, ανέλυσαν δείγματα του ιού από ένα κοτόπουλο που ζούσε στο σπίτι του αγοριού, δείχνοντας ότι έτσι είχε μολυνθεί και ότι ο ιός ήταν απίθανο να εξαπλωθεί σε άλλους ανθρώπους. Πριν από την πανδημία COVID-19, τα δείγματα θα είχαν σταλεί στο εξωτερικό για αλληλούχιση και αυτές οι πληροφορίες θα χρειάζονταν συνήθως εβδομάδες ή μήνες για να φθάσουν. Αυτό το εργαστήριο είναι ένα από τα πολλά σε όλη την Ασία και την Αφρική που αύξησαν την δυνατότητα χρήσης τεχνολογίας αλληλουχίας γονιδιώματος κατά τη διάρκεια της πανδημίας και τώρα μπορούν εκτός από την COVID-19 να μελετήσουν και άλλες ασθένειες.
«Από τις αρχές του 2022, σκεφτόμαστε πώς να χρησιμοποιήσουμε αυτή την δυνατότητα και για άλλα παθογόνα», όπως η χολέρα, η ελονοσία, η πολιομυελίτιδα και ο Έμπολα, αναφέρει ο Sofonias Tessema, επικεφαλής του προγράμματος γονιδιωματικών παθογόνων στο Africa Centers for Disease Control and Prevention, στην Αντίς Αμπέμπα. Τα δεδομένα από την αλληλούχιση γονιδιώματος σε συνδυασμό με άλλες κλινικές πληροφορίες μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη διάγνωση ασθενειών, τον εντοπισμό αλυσίδων μετάδοσης, την παρακολούθηση μεταλλάξεων, τον εντοπισμό των εστιών, την επιτάχυνση της ανταπόκρισης της δημόσιας υγεία και τη συμβολή στην ανάπτυξη εμβολίων. Πολλές χώρες θέλουν να έχουν τη δική τους τεχνολογία αλληλουχίας γονιδιώματος , λέει ο Paul Pronyk, ιατρός μολυσματικών ασθενειών στο Duke-NUS, το οποίο υποστηρίζει την Πρωτοβουλία Asia Pathogen Genomics Initiative (PGI) — ένα πρόγραμμα που στοχεύει στην ενίσχυση της γονιδιωματικής επιτήρησης στην Ασία. «Οι ημέρες αποστολής των δειγμάτων σας στο εξωτερικό για ανάλυση τελειώνουν», προσθέτει.
Ωστόσο, ορισμένοι ερευνητές ανησυχούν ότι η χρηματοδότηση που καταβλήθηκε για την αλληλουχία του SARS-CoV-2 θα σταματήσει και τα νέα μηχανήματα θα μείνουν σε αδράνεια. Πολλές χώρες έχουν την δυνατότητα να αλληλουχούν άλλα παθογόνα, αλλά δεν το κάνουν επειδή δεν υπάρχουν χρήματα, λέει ο Gagandeep Kang, ιολόγος στο Christian Medical College στο Vellore της Ινδίας. Κατά τη διάρκεια της πανδημίας, το Ινστιτούτο Παστέρ της Καμπότζης έλαβε κεφάλαια για να αγοράσει έναν αναλυτή αλληλουχίας γονιδιώματος επόμενης γενιάς Illumina και αρκετούς αλληλουχίες τρίτης γενιάς Oxford Nanopore, συμπεριλαμβανομένων μικρών φορητών συσκευών, λέει ο Erik Karlsson, ιολόγος στο ινστιτούτο. Αγόρασε επίσης διακομιστές και υπολογιστές και αναβάθμισε τη σύνδεση του ινστιτούτου στο Διαδίκτυο για να αναλύσει τις προκύπτουσες ομάδες δεδομένων βιοπληροφορικής. Τέτοιες επενδύσεις μείωσαν το κόστος της αλληλουχίας ενός γονιδιώματος SARS-CoV-2 από 1.000 δολάρια στις αρχές του 2020 σε 20 έως το τέλος του 2021, λέει ο Karlsson.
Πηγη: https://healthdaily.gr/